Después del Concilio de Constantinopla II, la cristología afronta otros problemas como el conocimiento humano en Cristo y la presencia en él de dos voluntades, la divina y la humana, junto con dos naturalezas unidas en una única persona y la perfección de la inteligencia y de la voluntad humana de Jesús.
El conocimiento humano de Cristo se había resuelto en los primeros siglos tanto en Antioquía como en Alejandría. Se admitía que ese conocimiento, debido al rebajamiento del Verbo, tenía que ser limitado. Más adelante esta postura (denominada agnoetismo) fue condenada por el patriarca de Alejandría, Eulogio y por San Gregorio Magno.
Sobre la voluntad humana de Jesús, había muchos pasajes bíblicos que presentaban a Jesús como alguien que toma decisiones, que quiere hacer la voluntad del padre o que aprende a obedecer a través del sufrimiento y planteaban el problema de una doble voluntad, divina y humana. Se dijo que en Jesús había que admitir una única actividad al mismo tiempo divina y humana. Esto se denominó monoenergismo, pero se abandonó enseguida esta postura porque no resolvía el problema.
Sobre la voluntad de Cristo, se adoptó la posición monotelita, que afirmaba en Jesús una única voluntad, la divina. Pero se fue imponiendo la posición ditelita, que afirmaba en Cristo la existencia de dos voluntades, una divina y otra humana.
La reacción contra el monotelismo comenzó con Máximo el Confesor y el Concilio Lateranense en el 649. Este Concilio afirmó el Símbolo de Calcedonia añadiendo que en Cristo hay "dos voluntades, la divina y la humana y dos actividades naturales, la divina y la humana de modo que él quería y realizaba nuestra salvación a la vez de modo divino y humano”. Aquí se presentan las dos naturalezas del Concilio de Calcedonia y una afirmación relativa al obrar concreto de Jesús, que afronta la pasión y la muerte por nuestra salvación.
El Concilio de Constantinopla III (681) promulgó conclusiones a modo de compendio de la enseñanza cristológica de los concilios precedentes; las dos voluntades de Cristo “no son contrarias y que la humana está sujeta a su voluntad divina y omnipotente”. Aún así los problemas no se resolvieron del todo pero en la Iglesia se había encontrado ya una formulación común que servirá de plataforma para otras profundizaciones.
Este consenso durará casi un milenio hasta que con los cambios sociales y culturales se vea necesario volver a las fuentes bíblicas y patrísticas para reformular y enriquecer la enseñanza cristológica, para responder mejor a los interrogantes del hombre moderno.